1、形成尿结石的物质排出增加：尿液中钙、草酸或尿酸排出量增加。长期卧床、甲状旁腺功能亢进者尿钙增加；痛风病人尿酸排出增多；内源性合成草酸增加或肠道吸收草酸增加引起高草酸尿症等。

2、尿pH改变：在碱性尿中易形成磷酸镁铵及磷酸盐沉淀；在酸性尿中易形成尿酸和胱氨酸结晶。

3、尿量减少，使盐类和有机物质的浓度增高。

4、尿中抑制晶体形成和聚集的物质减少，如枸橼酸、焦磷酸盐、酸性粘多糖、镁等。

5、尿路感染时尿基质增加，使晶体粘附。有些细菌如大肠杆菌能分解尿素产生氨，使尿pH≥7.2，易形成磷酸镁铵结石。