本病是褐黄病色素沉着在关节处所引起，故其并发症主要是由于褐黄病所引起，色素沉积在椎间盘和关节软骨，使软骨变色，弹性减弱，变脆，对压力失去抵抗，且易碎裂，小的破碎软骨片可以脱落进入关节腔内，继而骨质增生,最终发生继发的退行性骨关节病。主要还沉积于透明软骨、纤维软骨、纤维组织和肌腱内，常见于耳廓、鼻、关节软骨、大血管内膜、心肌瓣膜、肾及肺，其次为巩膜、角膜及椎间盘中，男性病患者还常合并黑色前列腺结石。