甲型H1N1流感的症状与其他流感症状类似，如高热、咳嗽、乏力、厌食等。此次美国发现病例的主要表现为突然发热、咳嗽、肌肉痛和疲倦，其中一些患者还出现腹泻和呕吐；墨西哥发现病例还出现眼睛发红、头痛和流涕等症状。